Mais de 43 anos depois de sua criação e vinte anos após a extinção do BNH o Sistema Financeiro da Habitação ainda reserva surpresas.As alterações procedidas entre 1980 e 1990 nas regras de reajustes das prestações dos contratos habitacionais firmados no âmbito do SFH e a assunção de compromissos sem a cobertura de recursos orçamentários, resultaram no acúmulo pelo FCVS de dívidas estimadas em R$ 141,5 bilhões, deixadas por 3,6 milhões de contratos. Desses montante, o Governo Federal já quitou R$ 61 bilhões, aproximadamente, restando R$ 80,5 bihões.
O Fundo de Compensação das Variações Salariais - FCVS foi criado em 1967 para possibilitar a redução da correção monetária das prestações dos financiamentos imobiliários concedidos no SFH,compatibilizando-as com as possibilidades reais de pagamento dos mutuários e garantindo a adimplência contratual e, de outro lado, para prover o pagamento dos saldos devedores acumulados pelos agentes financeiros naqueles contratos.
Em 1996 o Governo renegociou a dívida do FCVS com os bancos, com juros anuais de 6,17% e pagamentos através da emissão de títulos da dívida interna. As estimativas do Tesouro são de que pelo menos 20% do montante pertença aos falidos bancos Nacional e Econômico, cerca de R$ 20 bilhões tenham sido dado em garantia ao Banco Central nas operações do PROER e que o restante está dividido entre a Caixa Econômica Federal e a EMGEA.
Da dívida total informada o Governo Federal pretende deixar de pagar R$ 17 bilhões, por vislumbrar irregularidades nos contratos ou na liquidação de 350 mil desses contratos. A irregularidade mais comum encontrada está na duplicidade de contratos para o mesmo mutuário. Conforme as regras do FCVS cada mutuário somente pode ter um contrato de financiamento no SFH no país. Até 1990, o mutuário ainda podia contratar a aquisição de mais de um imóvel, desde que em municípios diversos.
O Governo Federal estima que tenha pago R$ 800 milhões indevidamente aos bancos por conta de divergências no Cadastro de Mutuários - CADMUT, decorrentes da não inclusão ou da inclusão imtempestiva de contratos e quer o dinheiro de volta até o final de 2008. Os bancos, por sua vez, entendem que tendo recebido em pagamento títulos de vinte anos, devem retornar o dinheiro aos cofres públicos no mesmo prazo.